Passo a Passo para Emissão de Nota Fiscal como Médico Recém-Formado

Médico emitindo nota fiscal pela primeira vez

Índice

Se você está começando a atender como pessoa jurídica, é essencial entender como emitir nota fiscal como médico. Neste guia, você vai descobrir o que é necessário para emitir sua primeira nota, qual a diferença entre nota e recibo, e como evitar erros fiscais que podem atrapalhar sua carreira logo no início.


A nota fiscal é o documento oficial que comprova que você prestou um serviço e recebeu por ele. Ela é registrada digitalmente, com validade jurídica, e serve para informar aos órgãos públicos que sua atividade está acontecendo de forma legal.

Se você tem CNPJ e atua como pessoa jurídica, emitir nota fiscal não é opcional: é obrigatório. Isso vale para qualquer atendimento ou procedimento médico que você realize como empresa, seja em clínicas, hospitais ou consultórios.

Emitir nota fiscal mostra profissionalismo, organiza sua vida financeira e te mantém em dia com a Receita Federal e a prefeitura da sua cidade.

Essa é uma dúvida comum para quem está começando.

  • Documento oficial com validade fiscal.
  • Exigido para pessoa jurídica (quem tem CNPJ).
  • Emitido por meio do sistema da prefeitura, com certificado digital.
  • Informações vão automaticamente para a Receita e a prefeitura.
  • Documento simples, feito manualmente ou por sistema.
  • Válido para pessoa física (quem não tem CNPJ).
  • Serve para o paciente comprovar o pagamento no Imposto de Renda.
  • Não substitui a nota fiscal em caso de atuação como PJ.

Para saber mais sobre isso, consulte o site oficial da Receita Federal, onde há orientações sobre deduções médicas.

Se você tem CNPJ, precisa emitir nota fiscal. Se atua como pessoa física, pode usar recibo.

Se você ainda não sabe qual caminho seguir, veja nosso comparativo completo: Pessoa física ou jurídica para médicos.


Se você está começando agora como PJ e quer emitir sua primeira nota fiscal, precisa estar com alguns documentos em mãos e com seu negócio formalizado.

  • CNPJ ativo – É o “CPF” da sua empresa.
  • Inscrição Municipal – Cadastro obrigatório na prefeitura da cidade onde sua empresa foi registrada.
  • Certificado Digital (tipo e-CNPJ) – Sua assinatura digital para acessar o sistema de notas.
  • Cadastro no sistema da prefeitura – É o site onde você vai gerar a nota fiscal eletrônica.
  • Contrato Social ou Requerimento de Empresário – Documento que comprova a abertura da empresa.

Se ainda não abriu sua empresa, veja como abrir CNPJ para médicos recém-formados e comece do jeito certo.um contador especializado pode cuidar de tudo para você com agilidade e segurança.


Sabemos que contabilidade pode parecer outro idioma. Então aqui vai uma tradução rápida:

Termo TécnicoExplicação Simples
CNPJDocumento de identidade da sua empresa (tipo CPF)
NFS-eNota Fiscal de Serviço Eletrônica
Inscrição MunicipalRegistro da sua empresa na prefeitura
Certificado DigitalCartão de acesso para você emitir notas
Regime TributárioConjunto de regras que define quanto de imposto você paga
Código de Serviço (CNAE)Atividade registrada no seu CNPJ (ex: consultas médicas)

A emissão de nota fiscal eletrônica depende de um cadastro junto à prefeitura do município onde sua empresa está registrada. Cada cidade tem seu próprio sistema e regras específicas, mas de forma geral, é necessário solicitar uma autorização como prestador de serviços, apresentar documentos da sua empresa e aguardar a liberação para acessar o sistema.

Esse processo pode envolver termos técnicos e exigências que variam conforme a prefeitura — e muitas vezes o site não é tão intuitivo. Por isso, é comum que médicos recém-formados fiquem inseguros nessa etapa.

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Depois que sua empresa está autorizada a emitir notas pela prefeitura, o processo é simples:

  1. Acesse o site da prefeitura com seu certificado digital.
  2. Clique na opção “Emitir NFS-e”.
  3. Preencha os dados do paciente ou da clínica.
  4. Descreva o serviço (ex: consulta, avaliação, procedimento).
  5. Informe o valor cobrado.
  6. Escolha o código de serviço correto (geralmente 8630-5/03 para médicos).
  7. Confirme e salve o documento.

Pronto! Sua nota fiscal foi emitida e registrada com validade legal.


A emissão da nota é mais do que só clicar em “gerar” no sistema. Veja alguns pontos que merecem atenção:

  • Descrição do serviço: Seja claro e evite termos genéricos.
  • Código de serviço correto: Use o CNAE adequado à sua especialidade.
  • Retenção de impostos: Algumas clínicas podem reter ISS, IR ou outros tributos — e isso deve constar na nota.
  • Prazo de emissão: Não deixe para depois. Notas retroativas não são permitidas por lei.
  • Organização: Guarde todas as notas emitidas por pelo menos 5 anos.

Se sua empresa está registrada em uma cidade (por exemplo, Rio de Janeiro), mas você atende em outras (como Niterói, São Paulo ou Belo Horizonte), talvez precise se cadastrar como prestador de serviços em municípios diferentes.

Além disso, algumas prefeituras exigem que o ISS (Imposto Sobre Serviços) seja recolhido no local da prestação do serviço — não no município de origem da empresa. Converse com seu contador para evitar surpresas.


O valor depende do regime tributário da sua empresa. A maioria dos médicos opta pelo Simples Nacional, que costuma ter alíquotas entre 6% e 16% sobre o valor bruto da nota fiscal.

Esse percentual inclui todos os tributos federais, estaduais e municipais — e varia conforme o faturamento anual da sua empresa e o tipo de contrato com o tomador (clínica, hospital, plano de saúde, etc.).

Com um bom planejamento, é possível reduzir essa carga dentro da legalidade.


Ao abrir um CNPJ e começar a atuar como PJ, você assume um novo papel: o de profissional da saúde e empreendedor. A nota fiscal é uma ferramenta que te protege, te organiza e te prepara para crescer.

Com tudo regularizado, você ganha:

  • Credibilidade com clínicas, pacientes e parceiros.
  • Facilidade para comprovar sua renda e investir.
  • Tranquilidade para focar no que importa: o atendimento de qualidade.

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